Jalan cerita The Bourne Legacy berjalan paralel dengan berbagai kejadian yang terjadi di The Bourne Ultimatum (2007). Setelah Jason Bourne (Matt Damon) dikisahkan menimbulkan kekacauan di kota New York dengan membuka tabir Operation Blackbriar dan Treadstone Project ke hadapan publik, pihak Central Intelligence Agency kemudian meminta bantuan kepada pimpinan senior CIA, Eric Byer (Edward Norton), untuk mengawasi berbagai proyek rahasia lain yang dimiliki lembaga tersebut. Khawatir bahwa akan ada banyak agen lainnya yang berubah haluan seperti Jason Bourne, Byer akhirnya memutuskan untuk menutup berbagai proyek rahasia CIA, termasuk Blackbriar, Treadstone dan sebuah proyek lainnya yang disebut sebagai Operation Outcome.
